Caracterização de alelos HLA novos e confirmatórios numa população do noroeste do Paraná, atendida no Laboratório de Imunogenética da UEM

Abstract

RESUMO: As moléculas do sistema de antígenos leucocitários humanos (HLA) apresentam peptídeos antigênicos aos receptores de células T, e são essenciais na identificação de compatibilidade para transplantes e na associação com várias condições patológicas. Avanços no sequenciamento de DNA, como as tecnologias Next Generation Sequence (NGS), permitiram uma detecção mais precisa de variações genéticas, incluindo a identificação de novos alelos. Dessa forma, este estudo visou analisar, descrever e registrar novos alelos e alelos confirmatórios HLA nas bases GenBank e IPD-IMGT/HLA. As amostras analisadas foram de doadores voluntários de medula óssea (DVMO) cadastrados no Registro Nacional de Doadores Voluntários de Medula Óssea (REDOME), seguindo as normas da Vigilância Sanitária e com consentimento livre e esclarecido. O DNA foi extraído de leucócitos periféricos de sangue total usando o kit QIAamp® DNA Blood Mini Kit (Qiagen) e sequenciado com tecnologia NGS, utilizando plataformas Illumina ou Ion Torrent, e uso do kit AlltypeTM FASTPlexTM NGS 11 Loci (One Lambda). Os dados foram processados com o software TypeStreamTM Visual - TSV versão 3.0.0 (One Lambda) e alinhados com alelos de referência do banco de dados IPD-IMGT/HLA para identificar Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Os alelos identificados foram confirmados com metodologias adicionais para assegurar a validação e precisão dos resultados.

ABSTRACT: The molecules of the human leukocyte antigen (HLA) system present antigenic peptides to T cell receptors and are essential in identifying compatibility for transplants and in association with various pathological conditions. Advances in DNA sequencing, such as Next Generation Sequence (NGS) technologies, have enabled more accurate detection of genetic variations, including the identification of new alleles. Thus, this study aimed to analyze, describe, and register new HLA alleles and confirmatory alleles in the GenBank and IPD-IMGT/HLA databases. The samples analyzed were from voluntary bone marrow donors (DVMO) registered with National Registry of Voluntary Bone Marrow Donors(REDOME), following Health Surveillance standards and with free and informed consent. DNA was extracted from peripheral blood leukocytes using the QIAamp® DNA Blood Mini Kit (Qiagen) and sequenced with NGS technology, using platforms Illumina or Ion Torrent, and the AlltypeTM FASTPlexTM NGS 11 Loci kit (One Lambda). The data were processed with TypeStreamTM Visual - TSV version 3.0.0 (One Lambda) software and aligned with reference alleles from the IPD-IMGT/HLA database to identify Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). The identified alleles were confirmed with additional methodologies to ensure the validation and accuracy of the results.