Transferibilidade de primers ssr heterólogos em Pseudoplatystoma reticulatum

Abstract

RESUMO: As cacharas pertencem ao gênero Pseudoplatystoma, têm como base sua diferenciação por meio somente de coloração padrão e morfologia externa, além de apresentarem grande potencial para a aquicultura pelas suas características zootécnicas, organolépticas e de rendimento de carcaça favoráveis ao atendimento do mercado consumidor, porém seus estoques naturais vêm sofrendo redução nos últimos anos. Para reduzir esse impacto negativo, estudos voltados à conservação estão sendo realizados e cada vez mais, a obtenção de ferramentas genéticas que permitam a discriminação de parâmetros populacionais ou de estoques se torna de grande importância. Em função de seu estado de conservação e seu potencial para o cultivo e apesar de pesquisadores terem desenvolvimento primers microssatélites para a espécie P. reticulam, objetivou-se através do presente estudo avaliar a transferibilidade de primers heterólogos SSR de espécies dos grupos Brachyplatystoma Pseudoplatystoma na cachara (P.reticulam). Foram analisadas amostras de nadadeira caudal de 222 indivíduos. A extração de DNA foi realizada utilizando protocolo com NaCl. A integridade do DNA extraído foi checada em gel de agarose 1%. Foram avaliados 11 primers desenvolvidos para as espécies: Brachyplatystoma rousseauxii, Pseudoplatystoma corruscans, Pseudoplatystoma punctifer. Foi observada amplificação cruzada de três primers específicos para a espécie B. rousseauxii (BR47, BR51 e BR61) e cinco primers específicos para a espécie P. punctifer (PPU01, PPU04, PPU09, PPU10 e PPU15), em P. reticulatum. Três primers: um de B. rousseauxii (BR38), um de P. corruscans (PCOR1) e um de P. punctifer (PPU13) não mostraram amplificação cruzada na espécie analisada. Os resultados indicaram a possibilidade de uso dos oito primers heterólogos amplificados em estudos genéticos em P. reticulatum, os quais amplificaram o total de 97 alelos, com variação de 142pb a 400pb.

ABSTRACT: The cacharas belong to the genus Pseudoplatystoma, their differentiation is based on standard color and external morphology and presenting great potential for aquaculture due to their zootechnical, organoleptic characteristics and favorable carcass yield, but their stocks natural resources have been decreasing in recent years. To reduce this negative impact, studies on conservation are being carried out and increasingly, then obtaining genetic tools that allow the population parameters or stocks discrimination becomes of great importance. Due to its conservation status and its potential for cultivation and although researchers have developed microsatellite primers for the species P. reticulam, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous SSR primers from groups of Brachyplatystoma and Pseudoplatystoma species in the cachara (P. reticulam). Caudal fin samples from 222 individuals were analyzed. DNA extraction was performed using NaCl protocol. The extracted DNA integrity was checked on 1% agarose gel. Eleven primers developed for the species were evaluated: Brachyplatystoma rousseauxii, Pseudoplatystoma corruscans, Pseudoplatystoma punctifer. Cross amplification of three B. rousseauxii-specific primers (BR47, BR51 and BR61) and five P. punctifer-specific primers (PPU01, PPU04, PPU09, PPU10 and PPU15) were observed in P. reticulatum. Three primers: one from B. rousseauxii (BR38), one from P. corruscans (PCOR1) and one from P. punctifer (PPU13) did not show cross amplification in the analyzed species. The results indicated the possibility of using eight amplified heterologous primers in genetic studies in P. reticulatum, which amplified a total of 97 alleles, ranging from 142bp to 400bp.